触发前往其他岛屿的剧情始于你收集到第七枚徽章之后。当你击败红莲岛的道馆馆主夏伯，这位热情的馆主并不会立刻给你徽章，而是会主动提出带你乘船前往陌生的岛屿区域，这便是七岛之旅的起点。选择接受他的邀请，你将首次离开关都大陆，被直接带往一之岛，从此开启了广阔的群岛探索篇章。这一步是后续所有岛屿旅行的基础，标志着游戏进入了一个全新的阶段。
抵达最初的一之岛后，你便获得了在这些岛屿间航行的基本能力。关键在于找到各个岛屿码头停泊的渡轮，例如海狮号，并与船长对话。通常你需要先在一之岛完成一些初始任务，比如激活岛屿间的连接网络，之后在码头的目的地列表中就会逐步解锁更多的岛屿选项。从一之岛前往二之岛、三之岛等后续地点，基本都是通过这种乘船方式来实现的，你可以随时返回之前的岛屿进行补给或完成遗漏的任务。
前往一些特定的岛屿则需要满足更严格的条件。最具代表性的是第六岛，想要解锁它作为航行目的地，你必须先完成关都联盟的主线挑战，即击败四大天王与冠军，并因此从大木博士那里升级图鉴为全国图鉴，同时获得关键的彩虹通行证或彩虹票证。持有此凭证后，你才能在枯叶市或一之岛的港口选择前往六之岛。游戏中还存在如第八岛、第九岛这样的隐藏岛屿，前往这些地方通常需要凭借通过特殊活动获得的神秘船票，在正常游戏流程中较难触及。
在计划岛屿旅行时，充分的准备能让你的航行更顺利。由于岛屿之间及岛屿内部探索常涉及大片水域，确保你的队伍中有一只能够使用冲浪技能的宝可梦是绝对必要的。考虑到部分岛屿道路复杂，布满岩洞和迷宫，提前掌握怪力、碎石、闪光等秘传技能也能帮你扫清障碍。每个岛屿都承载着独立的剧情线或任务，例如在一之岛激活航线、在二之岛解决卡比兽挡路、在五之岛和六之岛解开火箭队与蓝宝石的谜题，遵循这些任务的指引往往是推进旅程、解锁下一站的关键。
