想要抵达口袋妖怪火红内全部岛屿，需要分两段解锁两类通行船券，中期三岛通行船券开放一、二、三岛，通关并升级全国图鉴后获取七彩通行船券即可自由往返四至七岛，额外两座特殊岛屿需要专属限定船票才能登陆，所有岛屿往返统一在枯叶市港口搭乘海烈焰马号渡轮出行。
推进主线至红莲镇击败火系道馆馆主夏伯后，正辉会主动上前交付三岛通行船券，持有该船票便能前往前三座岛屿。登船抵达一之岛后，前往岛内宝可梦网络中心与锦辉对话领取陨石，随后乘船前往二之岛游戏角，和小迷父亲对话接取寻人任务，再坐船前往三之岛果实森林，在森林深处击败引梦貘人救下小迷，返回二之岛交还陨石换取月之石，完成这段连环剧情后，前三座岛屿的码头航线会永久解锁，后续随时可在枯叶市港口切换三座岛屿航线，三岛区域内藏有大量关都地区稀有宝可梦，果实森林还能批量采集各类树果用于制作捕捉道具，一之岛灯火山外围可遭遇火焰系野生宝可梦，适合前期火系阵容培养。
通关四天王登入名人堂后，收集六十种不同捕获记录的宝可梦返回真新镇，与大木博士对话将地区图鉴升级为全国图鉴，解锁后续岛屿前置条件。再次前往一之岛灯火山，击败驻守洞口的两名火箭队队员，进入火山洞穴左侧通道推动巨石抵达底层拾取红宝石，将宝石交还给锦辉后获得七彩通行船券，该船票覆盖四、五、六、七岛全部航线。抵达四之岛后需习得攀瀑秘传技能，进入冻瀑洞窟推进科拿相关剧情，解锁前往五之岛权限；六之岛点之穴使用居合斩开门，按上、左、右、下顺序跳下平台拿到蓝宝石，途中会被研究员抢走宝石，前往五之岛火箭队仓库击败对手夺回宝石，完成宝石交付后七之岛航线完全开放，七之岛包含训练家塔、七宝溪谷与阿斯卡纳遗迹，遗迹内可收集全部未知图腾，训练家塔适合高强度刷级提升宝可梦等级。
肚脐岩与诞生之岛不属于常规七之岛航线，无法依靠两类基础船票抵达，需要分别持有神秘船票与极光船票，两张道具仅能通过专属渠道获取，拿到船票后前往枯叶市港口，码头船员会新增对应航线选项，肚脐岩洞穴深处可遇见凤王与洛奇亚，诞生之岛内部三角解谜完成后能触发代欧奇希斯对战，两座岛屿无常驻补给点，出发前需要备足恢复药剂与捕捉球，同时队伍携带冲浪、攀瀑、居合斩等秘传技能，避免中途受地形阻拦无法完成探索。
全部岛屿解锁完成后，任意时间前往枯叶市港口，与码头水手对话选择目标岛屿即可乘船往返，不同岛屿之间也能通过岛屿本地码头直接切换航线，无需每次返回关都大陆，长期刷宝可梦、收集道具、挑战训练家时，优先停靠一之岛宝可梦中心，这里支持跨区域存储宝可梦，补给与传送功能齐全，能大幅减少往返赶路消耗，合理规划岛屿探索顺序可以一次性集齐两块关键宝石，省去多次重复乘船的流程，提升整体冒险效率。
