迷失岛2并不存在独立命名、可以单独选择进入的隐藏关卡，游戏内的额外探索内容全部依托二周目流程解锁，各类密室区域、宇宙结局场景都属于主线延伸内容，并非独立关卡板块，多数玩家口中所说的隐藏关卡，实际是二周目解锁的多处隐藏密室和隐藏结局线路。想要完整解锁全部额外解谜内容，不能只完成一周目基础剧情，必须走完二周目完整流程，才能解锁常规流程里不会出现的房间、道具链和专属成就，这也是很多玩家通关一次后觉得内容没有探索完毕的主要原因。
二周目开启之后，岛屿场景会同步新增三处核心隐藏密室，分别为神庙二层密室、金字塔内部密室以及工厂专属铁箱密室，三处区域都需要收集专属道具解开连锁谜题才能进入，每一处密室内部都包含独立谜题线索，会直接影响最终真结局能否顺利解锁。神庙二层密室需要集齐六枚三角形石块，石块分散在桥梁位置、章鱼怪场景、神庙石台、船舱角落、金字塔石碑和火箭二层六个点位，参照灯塔二楼墙面的图案排布提示摆放石块即可开启大门，密室壁画上的章鱼眼睛图案，是解开工厂铁箱机关的核心参照线索。工厂铁箱需要先拿到二周目专属道具神秘红球，激活墙面眼睛阵列机关，对照壁画图案点亮对应点位，开启铁箱后获取铁锥道具，携带道具回到神庙密室光柱位置触发NPC对话，就能拿到金字塔密室的密码线索。金字塔密室需要调整内部铁棒长度，按照对应数字顺序完成排列，解锁该区域之后，就能逐步集齐四块蓝色能量方块，为开启宇宙线路结局做好道具储备。
完整收集全部隐藏道具之后，下一步可以开启火箭延伸剧情线路，这条线路是游戏拓展内容最多的部分，也是玩家认知里最接近隐藏关卡体验的内容板块。流程里需要先集齐远古符石，前往码头和工厂中间的祭坛区域，按照画板图纸上的点位摆放符石，召唤出NPC角色获取动作顺序提示，再前往神庙内部将石饼加工为金色石饼，转动墙面四座人物石像的半圆机关，拿到蓝色能量块并安置在火箭一层能量槽中。抵达火箭三层操作台后，参照远古区域宇航员石像记录的动作顺序调整装置，等待火箭升空推进剧情，在制作人员名单播放完毕后不要直接退出界面，保持等待状态，火箭会前往独立的宇宙场景，解锁隐藏成就宇宙的尘埃，这段独立场景拥有完整的画面和剧情流程，很容易被玩家误认为是单独的隐藏关卡。
除了大型密室和宇宙结局线路之外，游戏还分布着多处小型隐藏彩蛋点位，同样属于拓展探索内容，想要达成全成就收集目标就不能遗漏。船舱内部可以反复切换进出场景，刷新小女孩身边的玩偶形态，先后刷出南瓜先生玩偶和小三角玩偶并点击互动，就能解锁两款联动类隐藏成就，初始房间书架上的笔记最后一页撕开纸张，还能解锁铁锅炖策划专属隐藏成就。一周目流程里的时光机解谜环节，破解完整符号密码顺利完成时空穿越，同样可以解锁两项对应隐藏成就，漂流瓶内部记录的字符数字，既可以作为神庙密室的备用解谜答案，也能用来解锁灯塔红色宝箱，拿到船票前往邮箱投递，解锁邮递员成就。这些零散点位难度不高，但是需要玩家细致遍历每一处场景，才能把全部拓展内容体验完整。
迷失岛2的内容结构以一周目主线为基础，二周目负责承载所有隐藏解谜区域和拓展剧情，整体不存在单独划分的隐藏关卡分类，各类密室和宇宙场景都属于二周目专属拓展内容，玩家在推进流程时，可以按照收集三角石块、解锁三处密室、集齐能量道具、开启火箭宇宙线路、收集零散彩蛋成就的顺序逐步推进，既能完整体验全部拓展内容，也能一次性完成全部成就解锁。
