影之刃3的主线剧情围绕杀气改造技术引发的武林迷局展开，玩家将跟随主角调查一系列由改造人引发的连环凶案。开篇以唐门叛徒唐礼的追杀事件为引，揭露其因扭曲情感被改造成杀人机器的过程，同时引出幕后黑手十一人阁的残破令牌线索。剧情采用非线性叙事，通过群像剧形式呈现多个门派的独立故事，最终交织成真·主线的核心阴谋。
游戏中期剧情聚焦于组织重建武林秩序的过程，玩家需与七十一个门派结盟对抗杀气改造势力。重要章节包括红叶寺神偷遇袭事件、唐冰重振唐门的抉择等，这些支线任务并非简单填充内容，而是解锁地图功能、装备槽位的关键。例如完成山河之志支线才能开启副本小地图，而奇戒双生任务则解锁第二戒指槽位，剧情推进与玩法解锁深度绑定。
后期剧情深入探讨杀气改造技术的起源，揭示其与五年前被灭门的十一人阁关联。玩家在击败唐礼等改造人后，会逐渐发现幕后存在五名以剑为标志的操纵者，他们通过人性弱点扩散改造技术。剧情对白采用武侠小说式的文风，如焦臭的人造杀气燃烧的气味，与五年前一模一样等描写，强化了悬疑氛围和江湖肃杀感。
当前剧情停留在探索五剑令牌线索的阶段，玩家需通过罪业空间、虚空裂缝等副本收集刻印和进阶材料，为后续对抗幕后黑手做准备。部分关键剧情如榆木脑袋系列需要挑战逆天难度紫图才能触发，这些设计将战斗挑战与叙事节奏紧密结合，形成独特的剧情体验。
其特色在于支线任务与核心叙事的有机融合，例如工匠对决任务中的铸师流派选择会影响装备属性加成，而这类选择往往伴随着道德困境的剧情演绎，使游戏在动作玩法之外呈现出厚重的武侠叙事质感。
