二战风云海运主要分为港口定点直航、军团跨海联运、无港口滩头登陆以及中途港口接力补给四条核心途径，所有海运行动都必须依托运输舰船完成兵力与物资的跨海调度，不同途径对应不同的作战场景，运力、风险与操作规则有着明确区分。港口定点直航是最基础的海运方式，操作需要先在沿海主城建造对应等级港口，解锁军事运输船之后，将陆军部队集结到港口区域，在航运界面选定目标沿海城市的港口坐标，完成兵力装载后即可自动航行。港口等级直接决定单次船队吨位，步兵占用舱位少，坦克、重型火炮这类装甲单位会大幅挤占运力，玩家需要合理配比编队数量，单次船队只对接两座开放港口，中途无法临时停靠，适合后方主城向前线沿海城市输送主力部队与矿石、石油等基础资源，航线全程固定，仅会遭遇敌方海上巡逻舰队的拦截。
军团跨海联运是多人协作模式下的海运途径，开启该运输模式后，多名军团成员的运输船队可以合并编组，统一规划同一条海上航线，还能共享护航舰队。单支私人船队护航力量薄弱，很容易被敌方潜艇伏击，而军团联运可以统一调配驱逐舰、巡洋舰组成护航编队，为整支运输集群提供反潜与防空掩护。联运航线可以串联军团内多座沿海据点，分段分批投放兵力，还能开启持续往返运输模式，不断向前线输送后备兵员。这种海运途径多用于跨大洋的大规模会战，在行动前需要由军团侦察机全域清扫航线海域，清除敌方潜伏的海军单位，避免整支运输船队遭到集群打击，同时所有参与联运的城市都要保证港口燃油储备充足，防止船队在海域中途因燃料耗尽停滞。
滩头无港口登陆海运属于战术突袭途径，不需要目标区域拥有己方港口，船队可以直接驶向无建筑的海岸浅滩完成卸载。执行这类海运任务时，运输船不能单独航行，必须提前派遣战列舰压制海岸的敌方岸防工事，清除沿岸守军之后，运输船队才能靠近滩头卸载部队。该途径无法运输大量重型装甲单位，舱位优先留给步兵、工兵与轻型突击单位，登陆部队上岸后要快速搭建临时阵地，防止敌军反扑切断滩头补给线。不少玩家会利用这条海运路线绕开敌方正面防线，在敌后海岸开辟第二战场，缺点是单次运量有限，只能小股兵力分批投送，长时间反复跨海容易暴露航线，引来敌方轰炸机持续袭扰。
中途港口接力补给海运是长线作战必备的运输手段，当起点与终点海域距离过远，单次航程无法支撑船队燃料消耗时，就需要在航线中途占领中立或者友方沿海港口作为中转节点。船队先抵达中转港口卸载物资，补充燃油与粮食，再拆分船队分段继续航行，还可以在中转港口拆分兵力，分多路驶向不同目标海岸，分散敌方的拦截力量。玩家可以在中转港口提前囤积补给运输舰，随时为过往船队补充物资，大幅延长海运航程，同时多段航线可以设置不同的行进路线，规避敌军重点布防的海域，进一步降低船队损耗。在资源运输环节，接力海运还能拆分资源品类，粮食与金属物资走主力船队，稀缺重油单独编组小型运输船隐蔽航行，提升长线物资输送的稳定性。
合理搭配四条海运途径可以兼顾兵力投送效率与船队生存能力，定点直航保障常规补给，军团联运支撑大规模会战，滩头登陆执行敌后奇袭，中转接力完成超长距离跨海行动，再配合侦察机侦察海域、护航舰队保驾护航，能够把海运的实战价值发挥到最大，大幅提升跨海域作战的主动权。
