选择合适的精灵需要考虑属性克制、技能搭配以及成长潜力。初始精灵的选择至关重要，妙蛙种子、小火龙和杰尼龟分别对应草、火、水三种属性，各自在游戏不同阶段有独特优势。妙蛙种子在前期对抗岩石系道馆时表现突出，小火龙后期进化成喷火龙后拥有强大的火系和飞行系技能，杰尼龟则在水系道馆和后期战斗中发挥稳定作用。属性克制是战斗的核心机制，火克草、草克水、水克火的基础关系需要熟练掌握，同时还需了解电、冰、龙等属性的相互影响。
精灵的培养方向应根据队伍需求调整。升级是提升精灵能力的主要途径，通过战斗积累经验值并学习新技能。喂食特定道具如口袋怪兽球能提高亲密度，进而影响精灵的属性和进化条件。技能搭配需兼顾攻击和辅助效果，例如催眠和麻痹类技能在捕捉野生精灵或对抗强敌时非常实用。精灵的个体值和努力值虽然不可见，但通过合理分配战斗对象和训练方式可以优化最终能力。
三神鸟闪电鸟、火焰鸟和急冻鸟分别位于无人发电厂、灯火山和双子岛深处，捕捉前需降低其血量并施加异常状态。超梦是游戏中最强的精灵之一，位于华蓝洞窟深处，建议携带恶系精灵应对其超能力属性。乘龙和卡比兽虽然不是神兽，但出现概率极低，前者可通过特殊剧情获得，后者需使用精灵笛唤醒。色违精灵是稀有变种，遇到概率极低但无属性差异，仅作为收藏目标。
火系精灵如风速狗和喷火龙擅长高爆发输出，水系精灵如水箭龟和乘龙能应对火系和地面系对手。电系精灵如闪电鸟和雷丘可有效克制飞行系和水系。格斗系精灵如怪力和沙瓦郎在对抗普通系和岩石系时表现优异。超能力系精灵如胡地和超梦拥有强大的特攻能力，但需注意恶系和虫系的克制。
后期挑战四天王和冠军时，队伍需针对特定对手调整。冰系和龙系精灵在对抗龙天王时至关重要，超能力系精灵可压制幽灵系和毒系天王。乘龙的精神干扰技能能有效反制四天王的特殊攻击，但需注意格斗系的物理伤害。合理利用道具如精灵粉和精灵糖可临时提升属性，但长期培养仍是胜利的关键。
游戏中的隐藏要素和特殊剧情可提供额外精灵选择。通过完成特定任务或探索隐藏区域，可获得化石精灵如菊石兽和化石盔，复活后加入队伍。特殊事件如获得秘密钥匙可解锁梦幻的捕捉机会。游戏地图中的隐藏道具和技能机器也能丰富精灵的战斗手段。
